Skrining Virtual didefinisikan sebagai proses evaluasi secara otomatis terhadap kumpulan data senyawa yang sangat besar menggunakan bantuan program komputer yang bertujuan untuk menemukan dan mengidentifikasi senyawa yang baru dan mempunyai aktivitas yang poten terhadap target yang dituju. Virtual skrining bertujuan untuk menemukan senyawa asal tanaman yang hit atau memiliki fitur kimia yang mirip dengan fitur farmakofor. Salah satu metode yang digunakan dalam proses skrining virtual adalah dengan menggunakan teknik penyaringan berbasis ligan yang berfokus pada perbandingan analisis kemiripan molekuler senyawa dengan bagian yang diketahui dan tidak diketahui, terlepas dari metode algoritma yang digunakan melalui simulasi penambatan molekuler atau docking.
Toksisitas dapat menyebabkan kerusakan beberapa organ tubuh, salah satunya adalah hati. Kerusakan hati karena bat dan zat kimia dapat terjadi akibat hilangnya kemampuan regenerasi sel hati, sehingga hati akan mengalami kerusakan permanen yang dapat menimbulkan kematian. Uji toksisitas diperlukan untuk menilai keamanan suatu obat, maupun bahan yang dipakai sebagai suplemen ataupun makanan. https://youtu.be/-zBxJ09KMHY
Data senyawa yang bagaimana yang dapat dilakukan skrining virtual dan bagaimana persyaratan senyawa tersebut sehingga dapat dilakukan skrining virtual?
BalasHapusData senyawa yang berada pada Protein data bank (PDB; http://www.pdb.org), dimana ini merupakan kumpulan arsip tunggal mengenai data struktural makromolekul biologi dari seluruh dunia. Penentuan struktur molekul protein yang terdapat berkas PDB diperoleh dengan menggunakan data eksperimen. Data eksperimen ini berasal dari kristalografi sinar-x atau spektroskopi Nuclear Magnetic Resonance (NMR). Kemudian dilakukan proses dengan program komputer untuk membuat molekul yang paling sesuai dengan data eksperimen. Tidak ada persyaratan khusus untuk senyawa yang dapat dilakukan skrining virtual.
HapusDijelaskan bahwa Virtual skrining bertujuan untuk menemukan senyawa asal tanaman yang hit atau memiliki fitur kimia yang mirip dengan fitur farmakofor. Bagimana caranya sehingga virtual skrining ini dapat menemukan fitur kimia yang mirip dengan fitur farmakofor tersebut?
BalasHapusCaranya yaitu pertama dilakukan preparasi senyawa, dimana dilakukan pemodelan struktur yang dibuat dengan menggunakan progra, HyperChem. Kemudian dibuat database senyawa lalu dilakukan optimasi ligan dengan perangkat lunak MOE menggunakan metode Forcefield MMFF94x. Selanjutnya dilakukan pencarian konformasi untuk didapatkan bentuk-bentuk konformasi senyawa.
HapusSelanjutnya dilakukan preprasi protein, dimana protein ini diunduh dari situs RCSB.PDB yang nantinya seluruh struktur protein dan ligan kemudian dibuka pada Jendela MOE dan disejajarkan sehingga
rantai yang memiliki struktur yang sama akan bergerak bersama-sama sebagai satu unit. Dengan cara ini kompleks protein-ligan dapat disejajarkan. Setelah ligan dan protein disejajarkan, file kemudian disimpan sebagai database.
Kemudian ditentukan fitur farmakofornya dengan menggunakan senyawa obat yang dianggap mampu terikat dengan protein yang akan digunakan hingga dijadikan sebagai penuntun
Bagaimana proses selanjutnya jika kita telah menemukan fitur kimia yang mirip dengan fitur farmakofor tersebut?
BalasHapusSelanjutnya akan dijalankan skrining virtual yang mana tujuan skrining virtual adalah untuk memperoleh senyawa-senyawa yang hits antara senyawa-senyawa dari database yang telah dibuat dengan fitur farmakofor yang diperoleh. Skrining virtual dilakukan dengan perintah MOE> Compute> Pharmacophore> Search hingga diperoleh senyawa hits. Senyawa hits yang diperoleh, kemudian di-docking. Teknik docking molekul memungkinkan kita untuk mengevaluasi kecocokan obat potensial (ligan) ke situs reseptor. Protein dan senyawa uji yang akan di-docking harus dipreparasi terlebih dahulu dengan cara dilakukan protonasi untuk menambahkan muatan atom dan hidrogen pada molekul. Senyawa yang telah di-docking, dievaluasi dengan melihat Posisi docking terbaik yang dipilih berdasarkan interaksi ligan dan reseptor yang paling mirip dengan ligan alami dan memiliki skor (S) yang paling rendah.
Hapus